Il se fait principalemen grâce aux signes cliniques décrit dans la rubrique maladie , mais certains paramétres histologiques, bactériologiques et immunologiques permettent de conforter le diagnostic, de classer la lèpre et de proposer un une thérapeutique adaptée aux différents sujets.

I-Etude bactériologique:

Elle est réalisée après prélevement de mucus nasal ou du suc dermique obtenu à partir du lobule de l'oreille et des lésions cutanées, permettant ainsi d'évaluer l'index bacillaire c'est à dire le nombre de bacilles par champ, sans tenir compte de leur morphologie, il s'exprime en croix (1+, 2+, 3+…) et l'index morphologique (I.M) qui évalue le pourcentage des bacilles d'aspect homogène : les formes homogènes en bâtonnets entiers correspondent aux bacilles viables, ceux mal colorés, fragmentés, en dégénérescence, représentent les formes dites "granuleuses" qui se voient chez les patients ayant bien répondu au traitement anti-lépreux.
La densité des bacilles est fonction du type de lèpre. Les formes tuberculoïdes et borderline sont pauvres ou très pauvres en bacilles, les formes lépromateuses sont toujours très riches en bacilles. Les lésions des formes interpolaires sont d'autant plus pauvres qu'on se rapproche de la tuberculoïde.
On distinguait les patients paucibacillaires (pas de bacilles visibles) et multibacillaires MB (Index bacillaire non nul).
Actuellement la mise en évidence du bacille n’est plus nécessaire, et l’on distingue les formes PB et MB en fonction du nombre de lésions.

II-Etude histopathologique:

La lèpre tuberculoïde est caractérisée par un granulome tuberculoïde : cellules épithélioïdes, quelques cellules géantes et une couronne de lymphocytes. Ces follicules tuberculoïdes se trouvent dans le derme et arrivent au contact de la basale. Les glandes sudoripares sont envahies par l'infiltrat qui dissocie leurs acini, ainsi que les follicules pilo-sébacés. Les filets nerveux sont également envahis et détruits par l'infiltrat épithélioïde. Les bacilles acido-alcoolo-résistants sont rares.
La lèpre lépromateuse est caractérisée par un granulome respectant une bande dermique superficielle : la bande acellulaire de Unna. Il est dominé par la cellule spumeuse de Virchow, grande cellule histiocytaire à cytoplasme clair, bourrée de Bacilles acido-alcoolo-résistants disposés en globi. Le granulome, comportant en outre de rares lymphocytes et plasmocytes comprime les glandes sudorales, les follicules pilo-sébacés et les nerfs mais les détruit peu, les troubles de la sensibilité sont ainsi inconstants et la fonction des annexes est peu affectée.
Dans le groupe interpolaire, approximativement, en allant du pôle lépromateux au pôle tuberculoïde, les cellules de Virchow diminuent pour laisser place au granulome tuberculoïde lympho-épithélioïde, de même les bacilles acido-alcoolo-résistants tendent à diminuer.

III-Etude immunologique:

L'état de résistance du patient vis a vis de M. Leprae détermine la variabilité des différentes forme de lèpre.
Nous avons vu que la lèpre tuberculoïde est une forme de résistance vis-à-vis du bacille de Hansen, les lésions sont localisées, cantonnées, engendrées par des granulomes circonscrits, alors que les formes lépromateuses sont caractérisées par un déficit de l'immunité cellulaire d'où la diffusion et l'envahissement massif de l'organisme par ces bacillles. Les anticorps antimycobacterium leprae n'ont aucune valeur protectrice dans la lèpre. Ils sont très abondants dans la lèpre lépromateuse et ils jouent un grand role dans les diverses manifestations viscérales et nerveuses réactionnelles.
L'intradermo-réaction à la lépromine (la lépromine est un extrait standardisé de léprome humain ou de Tatou) est un test intéressant à pratiquer chez les lépreux. Il ne s'agit pas d'un test diagnostique mais d'un test qui permet de classer la lèpre dans son spectre. La lecture du test doit se faire vers la 3è-4è semaine : la réaction dite réaction de Mitsuda est positive dans la lèpre tuberculoïde et borderline tuberculoïde, douteuse dans la forme bordeline bordeline et négative dans la lépromateuse et dans la borderline lépromateuse. Elle se positive dans les réactions de réversion, traduisant le déplacement vers le pôle tuberculoïde, mais elle reste négative dans l'érythème noueux lépreux(se voit dans les formes lépromateuse et bordeline lépromateuse, il traduit un conflit antigéne-anticorp, le patient se plaint de céphalées, de douleurs diffuses, il est asthénique et fébrile). Elle témoigne de la résistance du sujet a M.leprae et elle se traduit histologiquement par la formation d'un granulome tuberculoïde.
La lèpre lépromateuse est également caractérisée par la présence d'immuns complexes circulants et dans l'érythème noueux lépreux la détection de fragments du complément est de règle.

IV-Diagnostic différentiels:

Diagnostics différentiels à évoquer devant des lésions hypochromiques:
- eczématides,
- pityriasis versicolor
- pityriasis rosé de Gibert
- dermite séborrhéique
- vitiligo, decoloration de la peau sous forme de taches blanches mais il n’y a jamais d’achromie dans la lèpre (Micheal Jackson en serait atteint :)
- lupus
- herpès circiné
- hypomélanose idiopathique du sujet âgé (en gouttes)
- yschromie créole (physiologique chez les métis)
- épigmentation par dermocorticoïdes (y penser chez les Africaines)
Diagnostic différentiel à évoquer devant des lésions papuleuses :
- sarcoïdose (biopsie)
- Recklinghausen
- leishmaniose cutanée
- Maladie de Kaposi.